La villa Sottocasa, sede del museo, emerge con la sua massiccia eleganza nel centro storico di Vimercate. Alle spalle è circondata dal grande parco omonimo esteso per oltre sei ettari, mentre, sul fronte, dal parco Trotti. Fu costruita negli ultimi decenni del XVIII secolo sul luogo di una precedente residenza cinquecentesca appartenuta alla famiglia Sfondrati. Nel corso dei secoli, mantenne attraverso diversi passaggi di proprietà la sua funzione di dimora di campagna di famiglie dell’aristocrazia milanese. Il gusto neoclassico della seconda metà del Settecento, che tanta fortuna ebbe nel nostro territorio, diede alla villa le sue attuali architetture monumentali, sobrie ed eleganti.
Nel 1860 la villa fu acquistata dai fratelli Ponti di Gallarate, rampolli di una delle maggiori dinastie cotoniere della prima industrializzazione italiana, divenendo dal 1865 la residenza del cav. ing. Luigi Ponti e di sua moglie, la contessa Elisabetta Sottocasa. I coniugi Ponti realizzarono importanti opere edilizie, tra cui le scuderie ed il maneggio coperto in stile neogotico. Alla morte senza figli dei coniugi, la villa passò in eredità ai conti Sottocasa, cui si deve l’attuale denominazione. Negli anni Sessanta del Novecento, il Comune di Vimercate acquisì l’antico frutteto, diviso dal complesso dalla via Vittorio Emanuele, allo scopo di incrementare la superficie di parco Trotti. Pochi decenni più tardi, agli inizi degli anni Ottanta, venne acquistata circa la metà del parco Sottocasa che, dopo interventi di manutenzione e la realizzazione di percorsi e viali, fu aperto al pubblico.
Infine, nel 2001 l’Amministrazione comunale ha acquisito l’ala sud ed il corpo centrale della villa con l’annesso giardino all’inglese, dando l’avvio al progetto di recupero dell’intero sistema di villa Sottocasa come complesso villa-giardino-parco nella sua inscindibile unitarietà.